Хоть и ниндзя скрытых деревень и действуют в военных целях своей страны, обеспечение и поддержание организации ниндзя как таковой лежит на них. Чтобы жить и выполнять миссии, им нужны хорошая экипировка и еда, не считая других важных аспектов, а для всего этого необходимы деньги и другие средства. Поэтому ниндзя скрытых деревень также выполняют миссии на заказ за вознаграждение. Каждый день из разных стран в деревни ниндзя прибывают клиенты, готовые заплатить за предоставленную помощь и услугу. Просьб со стороны клиентов приходит очень много и они самые разнообразные: от уборки дома до убийств особо опасных преступников. По необходимости каге деревень или наиболее значимые джонины назначают миссии важные для страны, которые, разумеется, не подлежат оплате. Все миссии без исключения подразделяются на пять различных типов в соответствии с их трудностью: S, A, B, C и D, а затем поручаются ниндзя с соответствующим к типу миссии рангом. Если миссия выполняется успешно, то заказчик оплачивает оказанную ему услугу деревне.
Миссии D ранга - самые легкие и наименее опасные миссии. Миссии такого рода даются генинам. Эти миссии служат также для улучшения взаимодействия и коллективных действий групп генинов. Так как эти миссии являются самыми легкими они обходятся дешево заказчикам. К этим миссиям относятся, например: поиск домашних животных, уборка урожая, очистка стоков и тому подобное
   
Миссии B ранга – миссии этого типа предназначены для выполнения чунинами, специальными джонинами, а также джонинами. Эти миссии также представляют собой эскортные походы, а также сбор сведений из других стран и убийство людей. Открытое сражение – обычное явление для этого типа миссий. Охрана объектов при исполнении этой миссии намного опасней, чем при предыдущих, и поэтому оплата их намного дороже
   
Миссии S ранга – это наиболее сложные и опасные миссии, которые даются для выполнения джонинам. Эти секретные миссии включают убийтсво важных людей, транспортировку документов и материалов государственного значения, тайную охрану особо важных лиц и тому подобное. С чрезвычайным риском для ниндзя, выполняющего эту миссию деревне предоставляется оченб большая сумма оплаты услуги
Миссии A ранга – миссии высокого назначения, которые предназначаются для выполнения квалифицированными чунинами, специальными джонинами и джонинами. Это миссии сопровождения особо важных лиц, миссии блокирования, контроля и слежения за другими ниндзя, а также важные миссии страны. Таким образом эти миссии всегда связаны с боями и риском быть убитым при исполнении
Миссии C ранга – это миссии, предоставленные для выполнения чунинами или квалифицированными генинами. Они включают в себя различные эскортные походы или поиски людей второстепенной важности, в которых есть шанс встретить врага. В основе своей это миссии обходятся без особо сильных столкновений, но в общем то эти миссии представляют опасность для выполняющих их ниндзя